"Peace on a swing in Palestine" © N. Hertz
La SSE comprend comme organes:
- l'Assemblée générale, qui est l'organe suprême de la Société: elle réunit les membres de la Société en séance ordinaire une fois par année;
- le Comité, qui comprend au moins sept membres dont la ou le président/e.
De plus, des commissions et des groupes de réflexions (sous le comité de la SSE) viennent compléter son organisation:
- la commission pour la documentation audiovisuelle
- la commission «Interface»
- la Medical Anthropology Switzerland (MAS) - Commission interdisciplinaire d'anthropologie médicale (CIAM)
- la commission des musées
- la commission de rédaction
- la commission scientifique (dormante)
- le groupe de réflexion "Anthropology and Education"
- la commission de réflexion éthique et déontologique
En outre, la SSE entretient une collaboration de longue date avec le Swiss Graduate Program in Anthropology.