Die SEG besteht aus den folgenden Organen:
- Die Mitgliederversammlung ist das oberste Organ der Gesellschaft. Sie beruft einmal im Jahr die Mitglieder ein.
- Der Vorstand setzt sich aus mindestens sieben Mitgliedern zusammen, unter denen die Präsidentin bzw. der Präsident gewählt wird.
Ausser diesen Organen umfasst die Gesellschaft acht Kommissionen:
- die Audiovisuelle Kommission
- die Kommission Interface
- die Medical Anthropology Switzerland (MAS) - Interdisziplinäre Kommission für Medizinethnologie (IKME)
- die Museumskommission
- die Redaktionskommission
- die Wissenschaftskommission (ruhend)
- die Arbeitsgruppe Anthropologie und Bildung
- die Kommission Ethik und Deontologie
und eine langfristige Zusammenarbeit mit dem Swiss Graduate Program in Anthropology.